en français
«Les fils de Jean-Sébastien Bach: essai de caractérisation de leur personnalité , in «Jean-Sébastien Bach et ses fils», Ostinato rigore, Revue Internationale d’Études Musicales 23, 2004, S.17-34.

en allemand
«Martin Luthers Vaterunserlied – theologisch und musikalisch betrachtet», in Lutherjahrbuch 74, 2007, S. 69-90.

 «Zum Verhältnis Friedrich Nietzsches zu Johann Sebastian Bach – Nietzsches Urgroßvater: Alumnus der Thomasschule und Präfekt unter Bach», in Bach-Jahrbuch 93, 2007, S. 229-242.

«Theologische Einführung», in Johann Sebastian Bach, Himmelfahrtsoratorium (BWV 11), Faksimile nach dem Partiturautograph der Staatsbibliothek zu Berlin, Preußischer Kulturbesitz, hrsg. und mit Einführungen versehen von Martin Petzoldt und Peter Wollny, Stuttgart, 2007, S. 2-3.

Bach-Kommentar, Theologisch-musikwissenschaftliche Kommentierung der geistlichen Vokalwerke Johann Sebastian Bachs, Band II: Die geistlichen Kantaten vom 1. Advent bis zum Trinitatisfest. Musikwissenschaftliche Beratung: Norbert Bolin. Schriftenreihe der Internationalen Bachakademie Stuttgart, hrsg. von Norbert Bolin, Bd. 14.2, Stuttgart-Kassel-Basel-London-New York-Prag, Internationale Bachakademie und Bärenreiter 2007, 1104 S.

«Bach in Leipzig – und heute?», in Berliner Theologische Zeitschrift (BThZ) Heft 1,2007, S. 126-147.

Die Thomasorganisten zu Leipzig, in Die Orgeln der Thomaskirche zu Leipzig, hrsg. von Christian Wolff, Leipzig: Evangelische Verlagsanstalt, 2005, S. 95-137.

Bach-Kommentar, Theologisch-musikwissenschaftliche Kommentierung der geistlichen Vokalwerke Johann Sebastian Bachs, Band I: Die geistlichen Kantaten des 1. bis 27. Trinitatis-Sonntages. Musikwissenschaftliche Beratung: Don O. Franklin. Schriftenreihe der Internationalen Bachakademie Stuttgart, hrsg. von Norbert Bolin, Bd. 14.1, Stuttgart-Kassel-Basel-London-New York-Prag: Internationale Bachakademie und Bärenreiter 2004, 726 S.; 2. Auflage 2005.

«Wie hat Bach seine Kyrie-Gloria-Messen theologisch strukturiert?» in Messe und Parodie bei Johann Sebastian Bach, hrsg. von Peter Tenhaef und Walter Werbeck, Greifswalder Beiträge zur Musikwissenschaft, 12, Frankfurt/M.-Berlin-Bern-Bruxelles-New York-Oxford-Wien, Peter Lang 2004, S.123-136.

«Bachs Bemühung um das Ordinarium des Gottesdienstes», in Messe und Parodie bei Johann Sebastian Bach, hrsg. von Peter Tenhaef und Walter Werbeck, Greifswalder Beiträge zur Musikwissenschaft, 12, Frankfurt/M.-Berlin-Bern-Bruxelles-New York-Oxford-Wien, Peter Lang 2004, S.117-122.

Steine zum Reden bringen – Mauern zum Singen. Kirchenmusik und Bachinterpretation in der DDR, hrsg. von Andreas Keller und Martin Petzoldt, Dank an Helmuth Rilling zum 70. Geburtstag am 29, Mai 2003, Stuttgart, Internationale Bachakademie, 2003.

St. Thomas zu Leipzig, hrsg. von Martin Petzoldt, Leipzig Evangelische Verlagsanstalt 2000, 200 S.

Bach-Almanach, Leipzig: Evangelische Verlagsanstalt, 2000, 503 S., Bachstätten, Reisen zu Johann Sebastian Bach, Frankfurt/Main und Leipzig, Insel-Verlag 2000, 348 S.

Texthefte zur Kirchenmusik aus Bachs Leipziger Zeit, Die 7 erhaltenen Drucke der Jahre 1724-1749 in faksimilierter Wiedergabe, eingeführt und hrsg. Stuttgart, Carus-Verlag 2000 (Carus 24.400).

Bach für Kenner und Liebhaber, Festschrift zum 70. Geburtstag von Diethard Hellmann, hrsg. von Martin Petzoldt, Stuttgart, Carus-Verlag 1998, 143 S.

Bach und die Bibel, Katalog zur gleichnamigen Ausstellung der Leipziger Bibelgesellschaft mit Unterstützung der Deutschen Bibelgesellschaft, Leipzig, Messedruck GmbH 1997, 63 S.

Johann Sebastian Bach, Ehre sei dir Gott gesungen, Bilder und Texte zu Bachs Leben als Christ und seinem Wirken für die Kirche (zus. m. Joachim Petri: Fotos), Berlin: Evang. Verlagsanstalt, und Göttingen: Vandenhoeck & Ruprecht 1988, 219 S., 241 Bilder, z.T., farbig, 2. Auflage 1990.

«Ut probus & doctus reddar», Zum Anteil der Theologie bei der Schulausbildung Johann Sebastian Bachs in Eisenach, Ohrdruf und Lüneburg, in Bach-Jahrbuch 71,1985, S.7-42.

Bach als Ausleger der Bibel,Theologische und musikwissenschaftliche Studien zum Werk Johann Sebastian Bachs, hrsg. von Martin Petzoldt, Berlin: Evang. Verlagsanstalt, und Göttingen: Vandenhoeck & Ruprecht, 1985.

«Zur Frage nach den Funktionen des Kantors Johann Sebastian Bach in Leipzig», Musik und Kirche 53,1983, S.167-173.

«Die theologische Bedeutung der Choräle in Bachs Matthäus-Passion», Musik und Kirche 53,1983, S.53-63.

«Zwischen Orthodoxie, Pietismus und Aufklärung – Überlegungen zum theologiegeschichtlichen Kontext Johann Sebastian Bachs», in «Johann Sebastian Bach und die Aufklärung», Bach-Studien 7, hrsg. von R. Szeskus, Leipzig, Breitkopf und Härtel, 1982, S.66-108.

en japonais
[Bachstätten. Ein Reiseführer zu Johann Sebastian Bach] Japanese translation published by arrangement through The Sakai Agency, Japanese edition copyright by Kita-ku, Tokyo Shoseki Co. LTD Tokyo 2005. 320/57 S.